Институт фундаментальной биологии и биотехнологии (ИФБиБТ) был организован в 2007 году. Однако моменту создания института предшествовали несколько десятков лет. По инициативе ученых Красноярского научного центра Сибирского отделения Академии наук СССР (КНЦ СО АН) академиков Л. В. Киренского, И. А. Терскова, И. И. Гительзона на базе филиала Новосибирского государственного университета были созданы в 1969г. биологический, физический факультеты Красноярского государственного университета (КрасГУ). Сразу же были заложены принципы творческого сотрудничества и в научных исследованиях, и в образовательном процессе между коллективами научных сотрудников, преподавателей, аспирантов и студентов, КНЦ и факультетов.
В 1999 г. проект «Фундаментальные основы экологизации образования и биотехнологий» коллектива научно-образовательного содружества КрасГУ и Института биофизики СО РАН(ИБФ СО РАН) победил в конкурсе(86 проектов на 3 гранта) в Русско-американской программе Basic Research and Hiqher Education (BRHE). Для выполнения этого проекта был создан Научно-образовательный центр «ЕНИСЕЙ» (НОЦ),одной из задач которого была привлечение студентов к активным методам обучения,а точнее вовлечение в научно-исследовательскую работу в коллективах ученых с мировым именем. Этот путь создавал мотивацию осознанного обучения студента.
В 2007 г. в СФУ был объявлен конкурс на организацию новых образовательных подразделений. Коллектив НОЦ под руководством своего научного руководителя академика РАН И.И.Гительзона разработал проект института. Идеи организации научно-образовательного процесса, опробированные в НОЦ, нашли поддержку в СФУ. Так был создан постановлением ученого совета СФУ от 10.09.2007 г. и приказом ректора СФУ от 25.10.2007г.№578 Институт фундаментальной биологии и биотехнологии.
